Un total de 28 habitats d'intérêt communautaire ont été cartographiés sur le site Natura 2000 "Camargue", dont 23 habitats terrestres et 5 habitats marins.
6 habitats sont prioritaires au titre de la Directive Habitats-Faune-Flore et présentent de très forts enjeux de conservation sur le site :
- Les lagunes côtières : Il s'agit d'étendues d'eau côtières peu profondes, saumâtres à très salées, temporaires ou permanentes. Un apport d'eau marine par un "grau" caractérise cet habitat typique de la camargue laguno-marine.
- Les steppes salées méditerranéennes : Cet habitat trouve les conditions optimums dans les zones littorales d'arrière-dunes subissant les influences d'entrées marines. D'une superficie assez réduite sur le site, il est caractérisé par la présence d'une espèce protégée : la Saladelle de Girard.
- Les dunes littorales à Genévriers : Cet habitat remarquable sur le littoral méditerranéen, rare et localisé en Camargue, est constitué de dunes grises colonisées par des arbustes dominés par le Genévrier.
- Les dunes avec forêts à Pin parasol et/ou Pin maritime : Egalement rare et localisé sur le site, cet habitat se développe sur d'anciens cordons dunaires stabilisés, dont l'évolution pédologique permet l'installation progressive d'espèces arbustives et arborées.
- Les mares temporaires méditerranéennes : Cet habitat persiste dans des dépressions à submersion variable liée aux précipitations ou en bordure de marais doux ou de roselières. Ce type de marais temporaire se caractérise par des submersions automnales et hivernales ainsi que des assecs estivaux de longue durée. Le paturage permet souvent le maintien du caractère ouvert de ces milieux.
- Les parcours substeppiques de graminées et annuelles : Les pelouses se caractérisent sur le site par leur présence sur les montilles résiduelles d'origine fluviatile ou marine, ainsi que par la dominance d'annuelles et de graminées. Cet habitat d'une grande diversité floristique est menacé par la colonisation d'arbustes ou encore la mise en culture et l'aplanissement des montilles.
D'autres habitats, non communautaires, présentent toutefois un enjeu très fort de conservation sur le site :
Les roselières forment un habitat qui se rencontre sur les bordures d'étangs et de marais doux à légèrement saumâtres. Si le roseau est l'espèce dominante, les roselières peuvent également être composées d'autres espèces d'hélophytes telles que le Scirpe maritime ou la Marisque. Cet habitat se rencontre sous forme de mosaïque avec d'autres habitats d'intérêt communautaire tels que les étangs à potamots. Les roselières présentent également une grande importance pour la nidification des hérons paludicoles et jouent un rôle essentiel dans le maintien d'activités socio-économiques traditionnelles telles que la sagne ou encore la chasse.
Les herbiers de Zostères et Cymodocées, localisés dans des zones peu profondes généralement abritées de l'action des vagues, sont présents dans l'anse de Carteau, la pointe de Beauduc et le Grau de la Dent. Ils présentent de forts enjeux de conservation sur la partie marine du site. Ces habitats constituent notamment des zones de nurseries essentielles pour les poissons ainsi que des zones d'alimentation pour les oiseaux et accueillent depuis plusieurs années des populations de Grandes Nacres.
