Le site Natura 2000 "Bancs sableux de l'Espiguette" est essentiellement composé de substrats meubles.
Il présente 2 habitats d'intérêt communautaire :
- Les bancs de sable à faible couverture permanente d'eau marine :
Il s'agit de l'habitat majoritaire sur le site. Il peut être décliné en 2 habitats élémentaires : les Sables fins de haut niveau et les Sables fins bien calibrés. L'ensemble de ces habitats constituent des zones de nurseries importantes pour les juvéniles de ploissons plats, et notamment pour des espèces à fort intérêt commercial comme la Sole. Leur richesse en Tellines et mollusques les rendent également attractifs pour la pratique de la pêche à pied.
- Les replats boueux ou sableux exondés à marée basse :
Cet habitat se rencontre sur la partie littorale du site, à l'interface entre la terre et la mer. Il constitue notamment une zone d'alimentation pour de nombreuses espèces d'oiseaux.
D'autres habitats naturels, bien que non communautaires, présentent néanmoins un intérêt patrimonial :
Il s'agit par exemple de l'Habitat du détritique côtier qui présente une grande diversité en espèces, ou encore des Reefs envasés, habitat original composé de tombants de vase durcie percés de nombreuses micro galeries, susceptible également d'abriter une faune importante.
